9 Flotylla Obrony Wybrzeża powstała 31.05.1965 r. z Brygady Obrony Wodnego Rejonu Głównej Bazy, która nosiła od 18.11.1978 r. im. kontradmirała Włodzimierza Steyera. W skład Flotylli weszła Komenda Portów Wojennych w Gdyni oraz na Helu. Jej zadaniem była obrona morskiego akwenu, którzy przylegał do wschodniego wybrzeża Polski. Zadaniem głównym 9 Flotylli Obrony Wybrzeża polegało na zwalczaniu podwodnych okrętów i poszukiwanie, zwalczanie oraz stawianie min.
Nadbrzeżne jednostki 9 Flotylli przeznaczenie miały specjalistyczne. 43 Batalion Saperów w Helu - Borze miał zadania inżynieryjno - saperskie. Obserwacje wzrokowo - techniczne oraz łączności pasa wód przebrzeżnych prowadziły punkty 7 Rejonu Łączności i Obserwacji na Helu. Obrona przeciwlotnicza - 7 Dywizjon Artylerii Przeciwlotnicznej w Ustce, a obrona przediwchemiczna - 55 Kompania Przeciwchemiczna w Rozewiu.
28.12.2006 r. 9 Flotylla Obrony Wybrzeża uległa rozformowaniu i została podzielojna między inne jednostki wojskowe. Opuściła Hel.